基因分型芯片-Illumina小鼠和人的连锁分析
连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。
长链非编码RNA芯片
ncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点
GeneChip Mouse Exon 1.0ST Array 小鼠外显子芯片
小鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约1000000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。
细胞周期甲基化qPCR芯片(Cell Cycle EpiTect Methyl qPCR Array)
细胞周期甲基化PCR芯片用于研究参与细胞周期调控的22个关键基因的启动子甲基化状态。利用这个芯片分析细胞或新鲜组织基因组DNA样本可能有助于关联CpG岛甲基化状态与生物表型。